Les poivrons peuvent être affectés par divers virus tels que le virus de la mosaïque du concombre (CMV), le virus Ÿ de la pomme de terre, le virus de la mosaïque du tabac (TMV) et le tomato aspermy virus. Les symptômes de ces viroses peuvent varier, mais comprennent souvent des nervures recroquevillées (CMV), un éclaircissement des nervures (virus Y) et différentes formes de taches de mosaïque. Après la transplantation, les plants peuvent subir un retard de croissance, un raccourcissement des entre-nœuds et la formation de rosettes. Les feuilles peuvent être petites et courbées avec des nervures proéminentes, ou bien présenter différents types de mosaïques. Les fruits issus de plantes infectées peuvent être petits et déformés, avec parfois une mosaïque visible. Il peut être difficile d'établir un diagnostic précis des viroses affectant les poivrons.
Les pucerons sont les principaux vecteurs de ces viroses, à l'exception du TMV, qui est transmis par des nématodes. Les cultures infestées dans les environs et les mauvaises herbes sont des sources d'infection pour les plants de poivron en début de culture, qui sont particulièrement vulnérables pendant les périodes de vol des pucerons. Cependant, les plants en production développent une tolérance aux attaques des virus au fil du temps.